Né à Belfort, c'est logiquement que Frédéric Duplus effectue sa formation de footballeur au FC Sochaux. Après deux prêts à Vannes puis à Guingamp, il rejoint la Belgique où il joue successivement pour Zulte Waregem, le White Star Bruxelles et le Royal Antwerp. C'est à l'été 2017 que le défenseur latéral revient en France, lorsqu'il signe un contrat au RC Lens.